المنهج البحثي العلمي اللاديني -مثلاً- يحتمل نوعين أو فئتين:
الأول: هم الذين ينكرون الطوفان الذي نتكلم عنه مطلقاً؛ أما كونهم لا ينكرون أن الأرض كانت مغطاة بالمياه في عصر ما قبل الكمبري أو بعده، ولا ينكرون أن الجليد كان يغطي معظم الأرض باعتبار العصر الجليدي أحد العصور الجيولوجية القديمة؛ فليست هذه القضية, القضية أنهم ينكرون أن يكون هناك طوفان بهذا المفهوم الذي نتكلم عنه, وما يقولون: إن الناس تحدثوا عنه في التوراة وفي غيرها.
والحجة والشبهة لدى من ينكره مطلقاً هي في الحقيقة أشبه ما تكون بأنه مجرد عدم العلم، وكما يقول علماؤنا رضي الله تعالى عنهم: عدم العلم ليس علماً بالعدم.
ولذلك ننتقل إلى الطائفة الثانية منهم: وهم الذين يشككون فيه، بمعنى: أنهم لا يملكون المقدرة على النفي القاطع لكنهم يشككون؛ لأن أولئك غلوا في الكفر بالأديان والكتب, والآخرون يشككون، فهم أقرب إلى المنهجية المعقولة.
هؤلاء وهؤلاء على أية حال اعتمدوا على أن القصة في التوراة فيها ثغرات كثيرة جداً -وهذا ما سوف نعرض لبعضه إن شاء الله- وإذا كان ما عند الشعوب الأخرى هو خرافات وأساطير، فالأساطير لا قيمة لها علمياً, والكلام المتناقض لا قيمة له علمياً، وبالتالي نشكك في وجود شيء اسمه الطوفان.